La diversità genetica del Maine Coon
Dal 2018 Genoscoper ha lanciato un nuovo test del DNA. Oltre ai test regolari su HCM1, SMA e PK-def e tratti, questo test fornisce qualcosa di molto interessante: la visione della diversità genetica! Si misurano migliaia di geni che finiscono in una percentuale che mostra la diversità genetica del gatto. Queste informazioni sono memorizzate in una banca dati e possono essere consultate attraverso mycatdna.com. Potete leggere tutto su questo test del DNA in in questo articolo "MyCatDNA".
Una parte di questa banca dati è resa pubblica dai proprietari dei gatti. Con i profili pubblici dei Maine Coon, sono stata in grado di fare un po' di ricerca per creare una maggiore comprensione di questo nuovo test della diversità genetica (%) e di come si relaziona con i nostri indicatori convenzionali.
Il grafico sottostante mostra la diversità genetica della razza Maine Coon, che è tra il 28-42%. La diversità genetica media della razza è a questo punto al 34,5% (22-1-2020). Quando in futuro altri Maine Coon saranno testati e aggiunti a questa banca dati, la media e la larghezza di banda della diversità genetica possono cambiare. Il grafico si basa sulla popolazione A* (spiegato alla fine di questo articolo). Dal grafico si può vedere che la maggior parte dei Maine Coon testati ha un punteggio compreso tra il 32 e il 39% di diversità genetica. Pochissimi Maine Coon si trovano nelle zone esterne. La banca dati contiene i Maine Coon di tutto il mondo, comprende linee New Foundation, showline, outcross e Maine Coon polidattili. Una banca dati del Maine Coon piuttosto diversificata, che ci fornisce un buon quadro della diversità della nostra razza.
Il Maine Coon ha una sana diversità genetica?
Il Maine Coon è una razza naturale, quindi ci si aspetterebbe che sia diversificata. Anche se non ci sono molti nuovi Maine Coon Foundation aggiunti alla razza oggi, la razza è ancora considerata diversificata. La diversità dipende dalle linee con cui si allevano. Alcune linee sono meno diversificate di altre, ecco perché i test sono una buona cosa.
Se ora avete un gatto meno diversificato, non fatevi prendere dal panico! Utilizzando l'attrezzo per l'allevamento all'interno di MyCatDNA potete trovare gatti specifici che provengono da linee non correlate e che possono migliorare la diversità genetica per la vostra futura prole. Un gatto con una bassa diversità genetica può essere ancora geneticamente molto importante per la popolazione se i geni non sono correlati alla maggior parte della razza. Si può facilmente migliorare scegliendo il partner giusto per i futuri accoppiamenti e fare un enorme salto in una o poche generazioni. Quando più gatti vengono aggiunti e resi pubblici, questo strumento diventerà più interessante. Può aiutare un allevatore a migliorare la diversità genetica come parte del suo piano di allevamento, oltre agli indicatori convenzionali come COI% (coefficiente di inbreeding totale) e cloni%. Aggiunge una nuova interessante prospettiva di informazioni che gli allevatori non avevano prima.
Confronto diverse razze di gatti
Quando si guarda la razza Maine Coon rispetto ad altre razze di gatti, si può vedere che è piuttosto in alto nella classifica numero 6 (Polidattile) e 8 (non polidattile). Come previsto, le razze naturali sono più geneticamente diverse di quelle create dagli allevatori. Si noti che questo mostra solo la mediana (media). Ogni razza ha la sua larghezza di banda, per alcune razze la larghezza di banda è davvero piccola e per altre è molto ampia.
Un gatto domestico è più sano di un Maine Coon?
Nei Paesi Bassi, un pensiero comune è che una razza mista o un gatto domestico è più sano di un gatto di razza pedigree a causa della loro maggiore diversità genetica. Beh, la mediana di un gatto domestico è in effetti un po' più alta della mediana di un Maine Coon. La larghezza di banda di un gatto domestico è compresa tra il 35-42% (indicata in arancione) e per un Maine Coon tra il 28-42% (indicata in blu). Ma a seconda degli obiettivi degli allevatori e delle linee con cui l'allevatore sta lavorando, è sicuramente possibile allevare Maine Coon che hanno almeno la stessa diversità genetica di una razza mista o di un gatto domestico. I Maine Coon che hanno una diversità genetica superiore al 35% hanno raggiunto questo punto. Ovviamente un allevatore che lavora con gatti con pedigree ha una maggiore conoscenza delle linee e della qualità dei geni in termini di salute rispetto a un allevatore la cui gatta è rimasta incinta per sbaglio da un gatto di qualche vicino di casa di cui non sappiamo nulla. Il che può rendere la scelta per un Maine Coon con pedigree ancora più sicura di un gatto domestico che ha una storia di antenati sconosciuta e dove non vengono fatti test sulla salute.
Come potete utilizzare la diversità genetica nel vostro programma di allevamento?
Quando ho saputo di questo test, la mia prima domanda è stata: come si rapporta la diversità genetica ai livelli di inbreeding? Ci si aspetterebbe di vedere una maggiore diversità genetica di gatti che hanno bassi livelli di consanguineità. Ma questo vale per ogni gatto? Ho dovuto scoprirlo facendo una ricerca sui profili pubblici del Maine Coon su mycatdna.com. Ho cercato i nomi dei pedigree nel database di Pawpeds per trovare informazioni sui livelli di inbreeding e sui cloni. Poi ho fatto i grafici per visualizzare la correlazione tra gli indicatori che utilizziamo:
- totale COI
- inbreeding su 5 generazioni e 10 generazioni
- i cloni
Di seguito sono riportati i risultati per ogni indicatore e la correlazione con la diversità genetica. Tutti questi grafici sono basati sulla popolazione B*.
Diversità genetica correlata alle COI
Diamo un'occhiata a come la diversità genetica si rapporta al coefficiente di inbreeding totale (COI%). Si può vedere la linea verde, che mostra la media COI rispetto alla diversità genetica (%). Ad esempio, un Maine Coon che ha una diversità genetica del 39% (questi risultati sono arrotondati) ha una COI medio del 5%. E un Maine Coon con una diversità genetica del 31% ha una COI medio del 19%.
Le linee gialle e blu mostrano la larghezza di banda in cui il COI% può essere a livello individuale. Ciò dimostra che c'è almeno un Maine Coon che ha un'elevata diversità genetica del 38% e che ha anche un COI più elevato di quanto ci si aspetterebbe: 15%. La linea gialla mostra anche un risultato eccezionale di un gatto che ha una bassa diversità genetica del 30% e ha un COI dello 0%. Com'è possibile? Un gatto con 0% di inbreeding non esiste, ma i gatti della (Nuova) Fondazione sono registrati come tali, dato che non conosciamo i loro genitori e i livelli di inbreeding. Questo dimostra che probabilmente non tutti i gatti della New Foundation (COI 0%) sono geneticamente diversi. Ma questo test può provare se lo sono! Questo gatto in particolare ha probabilmente genitori imparentati (alto COI), ma potrebbe essere ancora molto estraneo alla maggior parte degli altri gatti e portare nuovi geni alla popolazione.
La linea tratteggiata nera mostra quanti Maine Coon rientrano nella categoria della diversità genetica. I bordi esterni non hanno così tanti risultati di test per trarre conclusioni affidabili. Ma la tendenza (linea verde) è molto visibile. In altre parole, c'è una correlazione tra le COI e la diversità genetica, ma non è così prevedibile, poiché ci sono delle eccezioni.
Qui potete fare previsioni generali: Un Maine Coon con COI del 15% ha probabilmente una diversità genetica inferiore al 35%, ma si può vedere dalla linea blu che anche il 38% è ancora possibile. I Maine Coon che hanno livelli di inbreeding inferiori al 10% avranno probabilmente un livello di diversità genetica tra il 36,5 e il 40,5%. In un basso pedigree COI% al giorno d'oggi spesso uno o più gatti New Foundation sono responsabili dei bassi numeri. Ma la diversità genetica dipende dal livello di diversità genetica del gatto della Nuova Fondazione e da quanto questi geni non siano correlati alle linee con cui li mischi. Questo test aggiunge nuove informazioni sulla diversità genetica di quella nuova linea e se effettivamente aggiunge qualcosa di nuovo alla razza.
Diversità genetica correlata all'inbreeding e al linebreeding
Quindi abbiamo dato un'occhiata più da vicino ai livelli totali di COI, ma che dire dei livelli di inbreeding che sono più recenti nel pedigree? Qui ho aggiunto due categorie. Il livello di inbreeding entro 5 generazioni, che mostra come i gatti siano legati tra loro solo alle ultime 5 generazioni. Il secondo è il linebreeding che è stato fatto nelle ultime 10 generazioni, quanti doppi antenati ci trovi? Anche se non ci sono molti esempi di inbreeding estremo nel database per trarne buone conclusioni, si può comunque vedere nel grafico sottostante, che per essere sul lato superiore della diversità genetica, è saggio mantenere i livelli di inbreeding delle ultime 10 generazioni dei vostri futuri accoppiamenti al di sotto del 2% (risultati > 34%) o preferibile al di sotto dell'1% (risultati > 37%). Detto questo, un Maine Coon con un livello di inbreeding di 10 generazioni del 6% può comunque avere una diversità genetica del 38%. Le probabilità sono piccole, ma succede. Immagino che questo sia stato il gatto fortunato che ha ereditato le parti non imparentate dei genitori imparentati.
Nel caso non vi foste già resi conto che l'inbreeding non è una buona idea dal punto di vista della salute, lo strumento dell'allevatore vi aiuta a visualizzare i risultati quando si prevede di accoppiare gatti imparentati.
Esempio 1:
L'accoppiamento fratello - sorella aumenta il COI del 25%. Cosa succede con la diversità genetica quando si pianifica un tale accoppiamento (che non è raccomandato)? Nello strumento allevatore è possibile abbinare il profilo di Chelles of Macadamia (diversità genetica del 39,2%) con suo fratello Lyon of Macadamia
(diversità genetica del 37,8%). (Si noti che fratello e sorella hanno una differenza dell'1,4%, il che dimostra che non tutti i fratelli hanno la stessa diversità genetica). I loro gattini dovrebbero avere una diversità genetica intorno al 29,7%. Una diminuzione dell'8,8% della diversità genetica. Non potrebbe essere molto più basso di così! Ovviamente una pessima idea.
Esempio 2:
L'accoppiamento nonno-nipote aumenta il COI del 12,5%. Prendiamo il profilo di Chelles of Macadamia (39,2%) ancora una volta e questa volta sceglieremo suo nonno So Out Coon’s Mirai
(38,5%). Entrambi i gatti hanno un'ottima diversità genetica. La diversità genetica prevista per i loro gattini si aggira intorno al 34,9%. Una diminuzione di quasi il 3,95% della diversità genetica in una sola generazione. Sembra un piccolo numero e un piccolo passo, ma non prendete alla leggera qualche percentuale. Ti porta direttamente dall'altra parte del grafico. Ricordate che la larghezza di banda della popolazione del Maine Coon testata è solo del 14% (tra il 28-42%), quindi una diminuzione del 3,95% significa che perderete il 28% della loro diversità genetica in un solo passo!
Relazioni genetiche
Si noti che il database del mycatdna non tiene traccia delle relazioni familiari. La previsione della diversità genetica per la prole si basa esclusivamente sul confronto dei genomi. Se la diversità genetica prevista è inferiore a quella di entrambi i genitori, significa che i loro genomi sono per lo più uguali (e probabilmente sono imparentati).
Nella mappa delle relazioni genetiche dei risultati dei test si possono vedere tutti i gatti della razza e come si raggruppano quando i loro genomi hanno delle somiglianze. Pensate a questo: quando si ha un Maine Coon con un'alta diversità genetica, diciamo il 40%, ma è mostrato nel grafico al centro dell'ammasso blu di punti. Significa che sarà difficile trovare una buona corrispondenza per migliorare ulteriormente la diversità genetica, dato che la maggior parte degli altri gatti sono vicini al vostro e condividono la maggior parte dello stesso DNA. Dovrete cercare le linee nelle aree esterne per trovare corrispondenze non correlate, per continuare un'elevata diversità genetica per le generazioni future.
Sorprendentemente il grafico sottostante mostra che i gatti domestici a pelo lungo e i gatti misti Maine Coon sono tutti nello stesso gruppo giallo. Dimostrando che il loro DNA è diverso da quello della razza Maine Coon, ma all'interno di questa categoria mista non c'è molta diversità.
Si noti anche che il Maine Coon polidattile (punti rosa) sembra essere molto variato. I Polidattili sono registrati come razza separata in Mycatdna e hanno una propria mediana del 35,9%, che è dell'1,4% superiore a quella di un Maine Coon non polidattile (34,5%).
La diversità genetica correlata ai cloni
In che modo la diversità genetica è legata ai cloni? Sappiamo che un'alta percentuale di cloni significa che si hanno molti degli stessi antenati (cloni e dietro di essi i primi 5). Quando non si sa nulla dei cloni, si prega di leggere prima di più nel mio articolo "L'influenza dei cloni".
Guarda il grafico qui sotto. Quando si allevano i gatti da outcross mantenendo i cloni al di sotto del 20%, i gatti molto probabilmente avranno tutti una diversità genetica superiore al 36%. In media sono addirittura superiori al 38%. Il che è un'ottima notizia e prova, per ogni allevatore di outcross, che si sta effettivamente lavorando su una maggiore diversità genetica con le linee di outcross. Naturalmente lo sapevate già, ma è bene avere qualche prova!
Sapendo che la percentuale media di cloni si aggira intorno al 35%, questo grafico mostra che la maggior parte di questi gatti si trova sul lato sinistro del grafico, con una diversità genetica inferiore al 35%.
Quindi penso che si possa dire che c'è una correlazione tra la diversità genetica e i cloni. Ciò che mi affascina è la domanda: perché queste linee sono più curve? Il grafico precedente del COI mostrava una linea più retta. Non ho ancora trovato una risposta.
Diversità genetica per paese
Questo è un grafico divertente, ma è anche il meno affidabile di tutti. Dato che in alcuni paesi ci sono solo pochi gatti testati, non possiamo ancora trarre conclusioni definitive. Questo grafico mostra solo i paesi che hanno un minimo di 3 gatti all'interno del database pubblico. Questo grafico si basa sulla popolazione C*. Il paese in cui il gatto è nato (e dove si trova l'allevatore) è il paese per il quale il gatto viene contato.
La linea nera mostra quanti gatti contiene e quindi si ottiene un quadro più affidabile per i paesi che hanno più gatti testati.
Come previsto, i Maine Coon con la più alta diversità genetica si trovano negli Stati Uniti, in quanto i gatti della New Foundation che portano nuovi geni provengono tutti dagli Stati Uniti (o dal CA). Ma si può vedere che hanno anche un bel po' di gatti con una minore diversità genetica, che molto probabilmente è causata da allevatori americani che importano gatti meno diversi da oltreoceano.
Si può anche vedere che la Svezia sta facendo molto bene a mantenere alta la diversità genetica. Tra tutti i paesi sulla sinistra, la Russia si distingue per una minore diversità genetica, in media del 33%. Durante la mia ricerca ho notato che la maggior parte dei gatti russi che si trovano nel database di mycatdna sono ora di proprietà di allevatori americani, il che probabilmente ridurrà la diversità genetica all'interno dei loro programmi di allevamento. Questo si può vedere nelle future generazioni testate di allevatori statunitensi.
Se si eliminano i paesi che hanno meno di 12 gatti testati, si rimane con i primi 5 paesi che hanno il maggior numero di gatti testati all'interno di mycatdna. Questo grafico si basa sulla popolazione D*.
Conclusione
La diversità genetica si rivela un nuovo indicatore promettente. Poiché anche il caso gioca un ruolo nel modo in cui i geni vengono ereditati dalla prole, è meno prevedibile dei consueti indicatori come COI, Cloni e Top5. Potrebbe essere più impegnativo integrare questo aspetto nel vostro programma di allevamento. Con bassi livelli di inbreeding si punta ad una maggiore diversità, ma con questo test si conoscerà effettivamente la diversità genetica del gatto. Questo test è fattibile e quindi più affidabile degli altri indicatori, quindi ha certamente molto valore. Il sito web di mycatdna offre a noi allevatori l'opportunità di tenere traccia della salute genetica di tutta la razza.
Naturalmente non dobbiamo guardare alla cieca la diversità da sola, ma la diversità non significa necessariamente che il gatto abbia geni sani. Si potrebbe ancora finire con un gatto geneticamente molto diverso che ha ereditato i geni sbagliati che incasinano le cose. Anche le informazioni genetiche non dovrebbero mai sostituire qualsiasi test HCM/PKD con eco, test HD/PL o altri controlli sanitari clinici effettuati da un veterinario o da uno specialista. Questo test del DNA è solo una piccola parte dei test sulla salute totale che un allevatore è raccomandato a fare per un Maine Coon.
Ma devo dire che sono un fan di questo test e molto entusiasta dell'impatto positivo che lo strumento di allevamento può avere in futuro, soprattutto quando si aggiungeranno altri gatti. Potrebbe essere divertente (o spaventoso, a seconda della direzione che sta prendendo) seguire le tendenze per i prossimi anni.
Popolazione e fonte
Sul sito web di mycatdna, ho preso l'intera popolazione di Maine Coons (polidattili inclusi) dei gatti pubblici. Ci sono molti altri Maine Coon testati ma il loro profilo non può essere visionato da me, quindi ho potuto lavorare solo con i gatti pubblici. Il 22 gennaio 2020 la popolazione dei Maine Coon pubblici era di 288 gatti. Da quei gatti, ho controllato il loro pedigree nel database dei Pawpeds per cercare informazioni sul COI, l'inbreeding di 5, 10 generazioni e i Cloni. Ho trovato 212 gatti nel database di Pawpeds. Da quei 212 gatti ho anche annotato il loro paese di nascita. Per i 76 gatti che non sono stati trovati a Pawpeds, il loro profilo mycatdna mi ha dato informazioni sul paese di nascita.
*Popolazioni utilizzate indicate nei grafici di questo articolo:
- Popolazione A: 288 Maine Coon Totale profili pubblici dei Maine Coon su mycatdna.com al 22-01-2020 (polidattili incluso)
- Popolazione B: 212 Maine Coon meno i 76 gatti che non sono stati trovati nel database di Pawpeds
- Popolazione C: 277 Maine Coon meno i gatti nati in paesi dove sono pubblicati solo uno o due gatti
- Popolazione D: 221 Maine Coon meno i gatti nati in paesi dove sono pubblicati meno di 12 gatti
Autore: Debbie Sprenger
Tradotto da: Diana Sferrazza
