Genetisk variasjon hos Maine Coon
Siden 2018 lanserte Genoscoper en ny DNA-test. Ved siden av den vanlige testingen på HCM1, SMA og PK-def og egenskaper, gir denne testen noe veldig kult: innsikt i det genetiske mangfoldet! Det måles tusenvis av gener som ender opp i en prosentandel som viser det genetiske mangfoldet til katten. Denne informasjonen er lagret i en database og kan nås via mycatdna.com. Du kan lese alt om denne DNA-testen i denne artikkelen "MyCatDNA".
En del av denne databasen er offentliggjort av eierne av kattene. Med de offentlige profilene til Maine Coons, var jeg i stand til å gjøre litt forskning for å skape mer innsikt i denne nye testen genetisk mangfold (%) og hvordan den forholder seg til våre konvensjonelle indikatorer.
?
Dette diagrammet nedenfor viser det genetiske mangfoldet til Maine Coon-rasen, som er mellom 28-42%. Det gjennomsnittlige genetiske mangfoldet til rasen er på 34,5 % på dette tidspunktet (22-1-2020). Når flere Maine Coons blir testet og lagt til denne databasen i fremtiden, kan gjennomsnittet og båndbredden til det genetiske mangfoldet endres. Diagrammet er basert på populasjon A* (forklart på slutten av denne artikkelen). Du kan se fra diagrammet at de fleste av de testede Maine Coons skårer mellom 32 og 39 % genetisk mangfold. Svært få Maine Coons scorer i ytre områder. Databasen inneholder Maine Coons fra hele verden, den inkluderer New Foundation-linjer, showlines, outcross og polydactyl Maine Coons. En ganske mangfoldig Maine Coon-database, som gir oss et godt bilde av mangfoldet i rasen vår.
Har Maine Coonen en sunn genetisk variasjon?
Maine Coon er en naturlig rase, så man kan forvente at den er mangfoldig. Selv om det ikke er mange nye Foundation Maine Coons lagt til rasen i dag, anses rasen fortsatt for å være mangfoldig. Mangfoldet avhenger av linjene det avles med. Noen linjer er mindre forskjellige enn andre, derfor er testing en god ting.
Hvis du har en mindre mangfoldig katt nå, ikke få panikk! Ved å bruke oppdretterverktøyet i MyCatDNA kan du finne spesifikke katter som kommer fra urelaterte linjer og kan forbedre det genetiske mangfoldet for ditt fremtidige avkom. En katt med lav genetisk mangfoldighet kan fortsatt være genetisk av stor betydning for befolkningen hvis genene ikke er relatert til majoriteten av rasen. Du kan enkelt forbedre det ved å velge riktig partner for fremtidige parringer og gjøre et stort hopp på bare én eller noen få generasjoner. Når flere katter legges til og settes på offentlig, jo mer interessant vil dette verktøyet bli. Det kan hjelpe en oppdretter å forbedre det genetiske mangfoldet som en del av avlsplanen deres, i tillegg til de konvensjonelle indikatorene som COI% (total innavlskoeffisient) og Clones%. Det legger til et nytt interessant perspektiv på informasjon som oppdrettere ikke hadde før.
Sammenligne forskjellige raser
.Når du tar en titt på Maine Coon-rasen sammenlignet med andre katteraser, kan du se at den er ganske høyt rangert på nr. 6 (Polydactyl) og 8 (ikke-poly). Som forventet er de naturlige rasene mer genetisk mangfoldige enn rasene som ble skapt av oppdrettere. Merk at dette kun viser medianen (gjennomsnitt). Hver rase har sin egen båndbredde, for noen raser er båndbredden veldig liten og for andre raser er den veldig bred
Er huskatten sunnere en Maine Coon Katten?
I Nederland er en vanlig tanke at en blandingsrase eller en huskatt er sunnere enn en stamtavlekatt på grunn av deres høyere genetiske mangfold. Vel, medianen til en huskatt er faktisk litt høyere enn medianen til en Maine Coon. Båndbredden til en huskatt er mellom 35-42 % (vist nedenfor i oransje) og for en Maine Coon mellom 28-42 % (vist nedenfor i blått). MEN avhengig av oppdretterens mål og linjene oppdretteren jobber med, er det definitivt mulig å avle fram Maine Coons som har minst like mye genetisk mangfold som en blandingsrase eller en huskatt. Maine Coons som har et genetisk mangfold høyere enn 35 % har nådd det punktet. Det er klart at en oppdretter som jobber med stamtavlekatter har mer kunnskap om linjene og kvaliteten på genene når det gjelder helse enn en oppdretter som ved et uhell ble gravid av en nabos katt vi ikke vet noe om. Noe som kan gjøre valget for en stamtavlet Maine Coon enda tryggere enn en huskatt, hvis forfedres historie er ukjent og hvor ingen helsetester blir utført.
Hvordan kan du bruke genetisk variasjon i ditt avlsarbeid?
Da jeg lærte om denne testen, var mitt første spørsmål: hvordan forholder det genetiske mangfoldet seg til innavlsnivåer? Du kan forvente å se et høyere genetisk mangfold av katter som har lave innavlsnivåer. Men er dette sant for hver katt? Jeg måtte finne ut av det ved å forske på de offentlige Maine Coon-profilene på mycatdna.com. Jeg slo opp stamtavlenavnene i Pawpedsdatabasen for å finne informasjon om innavlsnivåer og kloner. Så har jeg laget diagrammene for å visualisere sammenhengen mellom indikatorene vi bruker:
total COI %
innavl på 5 generasjoner og 10 generasjoner
klonene
Nedenfor er resultatene for hver indikator og korrelasjonen med genetisk mangfold. Alle disse diagrammene er basert på populasjon B*.
Genetisk variasjon i forbindelse med COI (Total innavl)
La oss ta en titt på hvordan det genetiske mangfoldet forholder seg til den totale innavlskoeffisienten (COI%). Du kan se den grønne linjen, som viser gjennomsnittlig COI versus genetisk mangfold (%). For eksempel har en Maine Coon som har et genetisk mangfold på 39 % (disse resultatene er avrundet) en gjennomsnittlig COI på 5 %. Og en Maine Coon med et genetisk mangfold på 31 % har en gjennomsnittlig COI på 19 %.
De gule og blå linjene viser båndbredden der COI% kan være på individnivå. Den viser at det er minst én Maine Coon som har et høyt genetisk mangfold på 38 % og som også har en høyere COI enn du forventer: 15 %. Den gule linjen viser også et eksepsjonelt resultat av en katt som har et lavt genetisk mangfold på 30 % og har en COI på 0 %. Hvordan kan dette skje? En katt med 0 % innavl eksisterer ikke, men (Nye) Foundation-katter er registrert som sådan, siden vi ikke kjenner deres foreldre og innavlsnivå. Dette viser at sannsynligvis ikke alle New Foundation-katter (COI 0%) er genetisk mangfoldige. Men denne testen kan bevise om de er det! Denne spesielle katten har sannsynligvis beslektede foreldre (høy COI), men kan fortsatt være veldig urelatert med flertallet av de andre kattene og bringe inn nye gener til befolkningen.
Den svarte stiplede linjen viser hvor mange Maine Cooner som faller inn i kategorien genetisk mangfold. De ytre kantene har ikke så mange testresultater for å trekke pålitelige konklusjoner her. Men trenden (grønn linje) er veldig synlig. Det er med andre ord en sammenheng mellom COI og det genetiske mangfoldet, men det er ikke like forutsigbart, siden det finnes unntak.
Du kan gi generelle spådommer her: En Maine Coon med COI på 15 % har sannsynligvis et genetisk mangfold på mindre enn 35 %, men du kan se fra den blå linjen at 38 % fortsatt er mulig også. Maine Cooner som har lavere innavlsnivå enn 10 % vil sannsynligvis ha et genetisk mangfoldsnivå mellom 36,5 og 40,5 %. I en lav COI% stamtavle er det i dag ofte en eller flere New Foundation-katter som er ansvarlige for de lave tallene. Men det genetiske mangfoldet avhenger av det genetiske mangfoldet til New Foundation-katten og hvor urelaterte disse genene er til linjene du blander dem med. Denne testen legger til ny informasjon om det genetiske mangfoldet til den nye linjen og om den faktisk tilfører noe nytt til rasen
.
Genetisk variasjon i innavl og linjeavl
Så vi har sett nærmere på de totale COI-nivåene, men hva med innavlsnivåene som er nyere i stamtavlen? Jeg har lagt til to kategorier her. Innavlsnivået innen 5 generasjoner, som viser hvor beslektede kattene ser bare på de siste 5 generasjonene. Den andre er linjeavlen som ble gjort i de siste 10 generasjonene, hvor mange doble forfedre finner du der? Selv om det ikke er mange eksempler på ekstrem innavl i databasen for å trekke gode konklusjoner fra dem, kan du likevel se i diagrammet under, at for å være på den høyere siden av genetisk mangfold, er det lurt å beholde innavlsnivåene på de siste 10 generasjonene av dine fremtidige parringer under 2 % (resultater > 34 %) eller fortrinnsvis under 1 % (resultater > 37 %). Når det er sagt, kan en Maine Coon med 10 generasjons innavlsnivå på 6 % fortsatt ha et genetisk mangfold på 38 %. Sjansene er små, men det skjer. Jeg antar at dette var den heldige katten som arvet de ikke-relaterte delene til de beslektede foreldrene.
I tilfelle du ikke allerede var klar over at innavl ikke er en god idé helsemessig, hjelper oppdretterverktøyet deg med å visualisere resultatene når du planlegger å parre beslektede katter.
Eksempel 1:
Bror – søsterparing øker COI med 25 %. Hva skjer med det genetiske mangfoldet når man planlegger en slik parring (som ikke anbefales)? I oppdretterverktøyet kan du matche profilen til Chelles of Macadamia (genetisk mangfold på 39,2%) med broren Lyon av Macadamia (genetisk mangfold på 37,8%). (Merk at bror og søster har en forskjell på 1,4 %, noe som viser at ikke alle søsken har samme genetiske mangfold.) Kattungene deres forventes å ha et genetisk mangfold på rundt 29,7 %. En nedgang på 8,8 % i genetisk mangfold. Du får dem ikke mye lavere enn det! Tydeligvis en veldig dårlig idé.
Eksempel 2:
Besteforeldre – barnebarnsparing øker COI med 12,5 %. Vi tar profilen til Chelles of Macadamia (39,2%) igjen, og denne gangen velger vi hennes bestefar So Out Coons Mirai (38,5%). Begge kattene har et meget godt genetisk mangfold. Det forventede genetiske mangfoldet til kattungene deres vil være rundt 34,9 %. En nedgang på nesten 3,95 % i genetisk mangfold på bare én generasjon. Det virker som et lite tall og et lite skritt, men ikke ta noen prosent lett. Den tar deg rett til den andre siden av diagrammet. Husk at båndbredden til den testede Maine Coon-populasjonen kun er 14 % (mellom 28-42 %), så en nedgang på 3,95 % betyr at du vil miste 28 % av deres genetiske mangfold i ett trinn!
Genetisk variasjon
Merk at mycatdna-databasen ikke holder styr på noen familieforhold. Forutsigelsen av det genetiske mangfoldet for avkommet er utelukkende basert på å sammenligne genomene. Hvis det forutsagte genetiske mangfoldet er lavere enn begge foreldrene, betyr det at genomet deres stort sett er det samme (og de er sannsynligvis relatert).
På kartet over genetiske relasjoner av testresultatene kan du se alle kattene av rasen og hvordan de klynger seg sammen når genomene deres har likheter. Tenk på dette: når du har en Maine Coon med et høyt genetisk mangfold, la oss si 40 %, men det vises i grafikken i midten av den blå klyngen av prikker. Det betyr at du vil ha vanskelig for å finne en god match for å forbedre det genetiske mangfoldet ytterligere, siden de fleste av de andre kattene er nær din og deler det meste av det samme DNA. Du må lete etter linjer i ytre områder for å finne urelaterte treff, for å fortsette et høyt genetisk mangfold for fremtidige generasjoner.
Overraskende nok viser grafikken nedenfor at de lange tamhårene og de blandede Maine Coon-kattene alle er i samme gule klynge. Viser at deres DNA er forskjellig fra Maine Coon-rasen, men innenfor denne blandingskategorien er det ikke så mye mangfold i det hele tatt.
Legg også merke til at Polydactyl Maine Coons (rosa prikker) ser ut til å være veldig forskjellige. Polydactylene er registrert som en egen rase i Mycatdna og har sin egen median på 35,9%, som er 1,4% høyere enn en ikke-poly Maine Coon (34,5%).
Genetisk variasjon variasjon i forbindelse med klonene
Hvordan er det genetiske mangfoldet relatert til klonene? Vi vet at en høy kloneprosent betyr at du har mange av de samme forfedrene (kloner og bak dem topp 5). Når du ikke vet om klonene, vennligst les mer om det i artikkelen min "Klonenes innflytelse" først.
Se på diagrammet nedenfor. Når du avler ut kryssende katter ved å holde klonene under 20 %, vil kattene mest sannsynlig alle ha et genetisk mangfold høyere enn 36 %. I gjennomsnitt er de enda høyere enn 38 %. Noe som er veldig gode nyheter og et bevis for alle utcross-oppdrettere, at du faktisk jobber med et høyere genetisk mangfold med outcross-linjer. Selvfølgelig visste du det allerede, men det er godt å ha noen bevis!
Når du vet at den gjennomsnittlige kloneprosenten er rundt 35 %, viser dette diagrammet at flertallet av disse kattene er på venstre side av diagrammet, og har et genetisk mangfold under 35 %.
Så jeg tror vi kan si at det er en sammenheng mellom det genetiske mangfoldet og klonene. Det som fascinerer meg er spørsmålet hvorfor disse linjene er mer buede? Det forrige diagrammet over COI viste en mer rett linje. Jeg har ikke funnet noe svar ennå.
Genetisk variasjon i hvert land
Dette er et morsomt diagram, men det er også det minst pålitelige diagrammet av alle. Siden noen av landene bare har svært få katter testet, kan vi ikke trekke konklusjoner ennå. Dette diagrammet viser bare landene som har minimum 3 katter i den offentlige databasen. Dette diagrammet er basert på populasjon C*. Landet der katten ble født (og hvor oppdretteren befinner seg) er landet der katten regnes for.
Den svarte linjen viser hvor mange katter den inneholder og dermed får du et mer pålitelig bilde for landene som har testet flere katter.
Som forventet finnes Maine Coonene med det høyeste genetiske mangfoldet i USA, ettersom New Foundation-katter som kommer med nye gener kommer alle fra USA (eller CA). Men du kan se at de også har ganske mange katter med et lavere genetisk mangfold, noe som mest sannsynlig skyldes at amerikanske oppdrettere importerer mindre mangfoldige katter fra utlandet.
Du kan også se at Sverige gjør det veldig bra med å holde det genetiske mangfoldet høyt. Av alle landene på venstre side stikker Russland seg ut med et lavere genetisk mangfold på i gjennomsnitt 33 %. I løpet av min forskning har jeg lagt merke til at de fleste av de russiske kattene som er i mycatdna-databasen nå eies av amerikanske oppdrettere, noe som sannsynligvis vil bringe det genetiske mangfoldet ned innenfor avlsprogrammene deres. Dette kan sees i fremtidige testede generasjoner fra amerikanske oppdrettere.
Hvis du tar ut landene som har mindre enn 12 katter testet, sitter du igjen med de 5 beste landene som har flest katter testet innenfor mycatdna. Dette diagrammet er basert på populasjon D*.
Konklusjon
Det genetiske mangfoldet viser seg å være en lovende ny indikator. Siden tilfeldigheter også spiller en rolle hvordan genene arves av avkommet, er det mindre forutsigbart enn de vanlige indikatorene som COI, Clones og Top5. Det kan være mer utfordrende å integrere dette i oppdrettsprogrammet ditt. Med lave innavlsnivåer sikter du mot høyere mangfold, men med denne testen vil du faktisk KJENE kattens genetiske mangfold. Denne testen er saklig og derfor mer pålitelig enn de andre indikatorene, så den har absolutt mye verdi. Mycatdna-nettstedet gir oss oppdrettere muligheten til å holde styr på den genetiske helsen til hele rasen.
Selvfølgelig må vi ikke stirre blind på mangfoldet alene, men mangfold betyr ikke nødvendigvis at katten har sunne gener. Du kan fortsatt ende opp med en høy genetisk mangfoldig katt som har arvet feil gener som roter til ting. Den genetiske informasjonen skal heller aldri erstatte noen HCM/PKD-test med ekko, HD/PL-test eller andre kliniske helsesjekker utført av en veterinær eller spesialist. Denne DNA-testen er bare en liten del av de totale helsetestene som en oppdretter anbefales å gjøre for en Maine Coon.
Men jeg må si at jeg er en fan av denne testen og veldig entusiastisk over den positive effekten avlsverktøyet kan ha i fremtiden, spesielt når flere katter blir lagt til. Det kan være morsomt (eller skummelt, avhengig av hvilken retning det går) å følge trendene for de kommende årene.?
Befolkning og kilde
På nettstedet til mycatdna har jeg tatt hele populasjonen av Maine Coons (inkludert polydactyl) fra de offentlige kattene. Det er mange flere Maine Coons testet, men profilen deres kan ikke sees av meg, så jeg kunne bare jobbe med de offentlige kattene. Den 22. januar 2020 var bestanden av offentlige Maine Coons 288 testresultater. Fra disse kattene har jeg sjekket stamtavlen deres i Pawpeds-databasen for å søke etter informasjon om COI, innavl på 5, 10 generasjoner og klonene. Jeg kunne finne 212 av kattene i Pawpeds-databasen. Fra de 212 kattene noterte jeg også deres fødeland. For de 76 kattene som ikke ble funnet i Pawpeds, ga deres mycatdna-profil meg informasjon om fødelandet.
*Brukte populasjoner vist i diagrammene i denne artikkelen:
Befolkning A: 288 Maine Coons Totalt offentlige Maine Coon-profiler på mycatdna.com 22.01.2020 (polydactyl inkludert)
Populasjon B: 212 Maine Coons Populasjon A minus de 76 kattene som ikke ble funnet i Pawpeds-databasen
Populasjon C: 277 Maine Coons Populasjon A minus kattene som ble født i land der bare én eller to katter er publisert
Populasjon D: 221 Maine Coons Populasjon A minus kattene som ble født i land der mindre enn 12 katter er publisert
Skrevet av: Debbie Sprenger
Oversatt av : Ragndhild Fenne Birkelid.
